Vi khuẩn là một trong những nguyên nhân gây ra các bệnh truyền qua thực phẩm. Ngoài cơ chế gây bệnh do ăn vào một lượng bào tử vi khuẩn (nhiễm khuẩn), thực phẩm có thể bị ô nhiễm bởi độc tố có nguồn gốc từ vi khuẩn, theo hai dạng thức sau:[1]

• Độc tố tiết ra trực tiếp từ vi khuẩn nhiễm trong thực phẩm.
• Độc tố sản sinh từ quá trình trao đổi chất của một lượng đủ lớn vi khuẩn khi chúng phát triển trong thực phẩm.

Vi khuẩn sinh độc tố rất đa dạng. Chúng có thể sinh bào tử hoặc không sinh bào tử, di động hoặc không di động được, hiếu khí hoặc kị khí hoặc kị khí tùy nghi...

Các độc tố do vi khuẩn sản sinh có thể phân loại thành nội độc tố và ngoại độc tố. Nội độc tố là những độc tố nằm bên trong tế bào vi khuẩn, chỉ được giải phóng ra bên ngoài khi tế bào vi khuẩn bị phá huỷ; chúng chỉ được sản sinh từ các vi khuẩn Gram âm. Còn ngoại độc tố là độc tố do vi khuẩn sống tiết ra môi trường; cả vi khuẩn Gram âm và vi khuẩn Gram dương đều có thể sinh ngoại độc tố.

Ví dụ: Vi khuẩn Clostridium botulinum sản sinh độc tố botulin (độc tố thịt), vi khuẩn này phát triển trong thực phẩm đến một số lượng đủ lớn rồi mới sinh độc tố. Ngược lại, vi khuẩn Vibrio cholerae sau khi xâm nhập vào cơ thể sẽ tiết ra độc tố cholera (cholera toxin) và gây độc.[2]